No.1妙蛙种子No.2妙蛙草No.3妙蛙花No.4小火龙No.5火恐龙No.6喷火龙
No.7杰尼龟No.8卡咪龟No.9水箭龟No.10绿毛虫No.11铁甲蛹No.12巴大蝴
No.13独角虫No.14铁壳昆No.15大针蜂No.16波波No.17比比鸟No.18比雕
主角小智与大木博士的孙子、小智的对手──小茂的命名，是源自原作RPG《神奇宝贝红·绿》提供的名字之一，是以该游戏开发者田尻智及任天堂董事宫本茂的名字作为基础。
小智得到皮卡丘后以神奇宝贝大师为目标，踏上训练家之路。
在旅程的开端，有个小智与皮卡丘的动人故事：由于小智的皮卡丘不肯服从小智，小智惟有靠自己捉神奇宝贝，连续捉2只失败，就在小智以掷石作攻击命中目标时，惊觉那不是波波，而是烈雀。小智及皮卡丘遭受袭击，慌忙逃走。其间一个女子在钓鱼期间拯救了他们，小智按她的指示，向常盘市冲去，但被烈雀群追上，此时皮卡丘已受重伤，为了救它，小智不惜牺牲自己，抵挡烈雀群。皮卡丘眼见小智舍身相救，终于明白小智对它的爱护及好意，就在烈雀群即将击中小智的千钧一发之际，它冲到小智面前，并使出强烈的“电击”绝招！终于成功把烈雀群赶走了，小智和皮卡丘亦终于成为好友。此时小智及皮卡丘遇见了一只神秘的神奇宝贝，是后来小智估计的凤凰之后小智和拯救他及皮卡丘的女子──小霞结伴同行，其后认识小刚，尼比市道馆赛后小刚加入成为新的同伴。
第一季集数名称如下：
01、神奇宝贝！
02、在神奇宝贝中心的决斗
03、终于捉到神奇宝贝了
04、少年武士的挑战
05、皮卡丘要进行特训！
06、很多皮皮在这里
07、美女四人组
08、百战百胜的小明
09、深山里的贵族学校
10、猜不到有意外收获
11、失去主人的小火龙
12、杰尼龟军团登场
13、正辉的灯塔
14、电击大对决
15、超级油轮的战斗
16、海上漂流记
17、荒岛历险记
18、清保高的假期
19、巨大的神奇宝贝，都市大袭击
20、在夏天出现的鬼神奇宝贝