1、通过在游戏中探索不同的区域，你可能会获得化石碎片。2、将两个相同的化石碎片交给游戏中的研究员，他会将它们交换成一个完整的宝可梦化石。3、要获得化石翼龙，你需要将两个飞龙化石交给研究员，他会帮你合成该宝可梦。除了化石翼龙，还有其他几种宝可梦可以通过相同的方法进行获取，如：盾甲龙、卡璞鸣鸣等。在游戏中收集齐这些宝可梦是很多玩家的目标之一。
获得化石翼龙需要完成一系列任务并进行复杂操作，非常不容易。首先，你需要在诺图尔市的石头研究室里获得这个任务，并且需要在神奇宝贝中捕捉到两只化石宝可梦，分别是化石盔和化石翼。接下来，你需要将这两个化石给研究室的教授，他会将化石复原成化石盔龙和化石翼龙。然后，你需要同时携带化石盔龙和化石翼龙前往诺图尔市太古博物馆并与博物馆的管理员对话，之后会出现一个剧情战斗，战胜后你就可以得到化石翼龙了。尽管这个过程比较漫长，但成功得到化石翼龙后，将会给您带来非常大的荣誉和自豪感。
可以通过在游戏中获取或交换获得紫化石，然后在玛瑙市的化石研究所中用紫化石和叶绿化石合成出翼龙。另外也可以通过参加活动或使用特定道具获得紫化石。